再加上1898年，光绪帝任用康有为、梁启超等推行变法维新一事。

一开始早在变法之初慈禧是赞同变法的，慈禧太后即对光绪帝说：“变法乃素志，同治初即纳曾国藩议，派子弟出洋留学，造船制械，以图富强也。”“苟可致富强者，儿自为之，吾不内制也。”

光绪帝帝素怕慈禧太后，待到慈禧太后坦露心迹，抑郁顿释，也就在几个书生的簇拥下放胆行动起来，恨不得把一千年的任务在一个礼拜之内便大功告成。欲速则不达，反而适得其反，得罪大批既得利益者。光绪帝和维新派全变、大变的急进变革主张，造成整个社会结构的强烈震荡，使许多与现存社会有利害关系的社会集团和政治势力觉得受到了威胁。百日维新期间，上谕达一百一十多件，令人目不暇接。各地方官员都怨声载道。光绪帝严惩阻挠变法的官员，树敌太多。至于废除八股改革科举制度，又在庞大士人群体中引起普遍恐慌。

戊戌变法期间，日本前相伊藤博文至中国访问。当时英国传教士李提摩太向变法派领袖康有为建议，要求清朝方面聘请伊藤为顾问，甚至付以事权。于是变法派官员在伊藤抵华后，纷纷上书请求重用伊藤，引起保守派官员的警惕。保守派官员杨崇伊甚至密奏慈禧太后：“风闻东洋故相伊藤博文，将专政柄。伊藤果用，则祖宗所传之天下，不啻拱手让人。”这种激烈的言论，促使慈禧太后在9月19日（八月初四）由颐和园回到紫禁城，意欲了解光绪皇帝对伊藤有何看法。

不过，伊藤与李提摩太又向康有为提议“中美英日合邦”。于是，在康有为的授意下，变法派官员杨深秀于9月20日（八月初五）上书光绪皇帝：“臣尤伏愿我皇上早定大计，固结英、美、日本三国，勿嫌‘合邦’之名之不美。”另一变法派官员宋伯鲁也于9月21日（八月初六）上书言道：“渠（李提摩太）之来也，拟联合中国、日本、美国及英国为合邦，共选通达时务、晓畅各国掌故者百人，专理四国兵政税则及一切外交等事，别练兵若干营，以资御侮。…今拟请皇上速简通达外务、名震地球之重臣，如大学士李鸿章者，往见该教士李提摩太及日相伊藤博文，与之商酌办法。”俨然欲将中国军事、财税、外交的国家大权，交于外人之手。

慈禧太后于9月19日（八月初四）返回紫禁城后，于9月20至21日获知此事，惊觉事态严重，才当机立断动政变，重新训政，结束了戊戌变法。

随后慈禧镇压维新运动，软禁光绪帝于瀛台。各列强则同情维新派，协助康有为、梁启超逃离中国，而慈禧欲废黜光绪帝，立载漪之子大阿哥溥俊为帝，但遭到西方列强反对。