很快，他就收到了埃尔南多派人送来的信。信中写道，“尊敬的侯爵先生，听说你已经从利马到达了浩哈，要在浩哈休息一顿，然后再来库斯科城，我们都在热切地期盼着和等待着。由于你为我们准备了足够的人马和武器，并制定了歼敌之策，所以，这一仗打得十分地顺利，也取得了决定性的胜利。将奥尔戈涅斯击毙，将阿尔马格罗生擒。但如何地处置这位‘独眼将军’，我想请求你来做最后的决定。按照你的意见，我已经派人把小阿尔马格罗送往利马，由你来看护。他可能明日就能到达浩哈。期待着你早日来库斯科城。”
皮萨罗听完秘书皮卡多为他念完信后，就对皮卡多说，“你马上给埃尔南多回信，就说对阿尔马格罗的处置非常地重要，要对他进行最严厉的处置，使他不再能给我们制造麻烦。决不可放虎归山，否则，让他有朝一日东山再起，势必会对咱们构成严重威胁。你再对他说我会一直呆在浩哈，直到阿尔马格罗被处置之后再去库斯科，否则，他们会要求让我放掉阿尔马格罗。对阿尔马格罗的处置一定要按照法律程序进行，要组织人力对他的罪行进行揭发和控告，再对他进行法律起诉。让人们看到我们是通过合法公正的手段对阿尔马格罗进行应有的处置。而阿尔马格罗则是一个背叛了这个国家和西班牙王室的罪人，他的死是理所应当和罪不可赦。这件事要抓紧时间进行，我会一直等到他将阿尔马格罗处置之后，就赶往库斯科城。”
第二天上午，被埃尔南多派人送往利马的小阿尔马格罗到达浩哈小镇，来到了印加行宫拜见皮萨罗侯爵。侯爵热情地接待了小阿尔马格罗。小阿尔马格罗对皮萨罗侯爵说，“我的父亲被埃尔南多关押起来，他年迈体弱，身体多病，我真为他担心。我请求侯爵先生别对他实施任何形式的暴力。”
皮萨罗侯爵拍着年轻人的肩膀说，“年轻人，你尽管放心，我不会加害于你的父亲，因为我们是多年的老朋友和合伙人。作为秘鲁总督，我唯一的愿望是看到这个王国能够平和安宁。对于你的父亲，我的老朋友和合伙人，我不但不会对他实施任何形式的暴力，还一定会和他重修旧好。”在安抚过这位年轻人之后，皮萨罗侯爵又对小阿尔马格罗说，“我让他们把你送到我的家中住着，把你当成我的侄子对待。”
小阿尔马格罗非常感激，说，“感谢侯爵先生。”
皮萨罗说，“我先让他们把你送到利马，我还在这里呆上一段时间。等把一些事务处理完了，我就会马上赶回利马。”
其实，皮萨罗侯爵一直呆在浩哈，并非有什么要紧的事务处理，而是在等待着埃尔南多处置了阿尔马格罗之后，要赶往库斯科城。他已经很长时间没有去过库斯科了，在当前乱哄哄的局势下，他觉得自己必须要回到库斯科城亲自处理一些重要的事情，稳定住当前这动荡不安的局势。
几个月前，为了迫使阿尔马格罗带领部队去远征智利，他曾亲自来到了库斯科城，千方百计地说服阿尔马格罗率部离开库斯科城，去征服智利。之后，发生了印加王组织的有几十万印第安人参加的大起义，他的弟弟胡安上尉就死在了战火中；再后，又发生了阿尔马格罗攻打库斯科，生擒并关押了埃尔南多和贡萨洛等人。现在，他的老合伙人和老对手阿尔马格罗也被处死了，所以，他很想来到库斯科城，为他的兄弟们鼓舞一下士气，把库斯科城的政权再巩固一下。
半月之后，当要处死阿尔马格罗的消息传出之后，巴尔维德主教从库斯科赶了过来。他是弗朗西斯科·皮萨罗和阿尔马格罗的好朋友。他一见到皮萨罗就说，“埃尔南多坚持要处死阿尔马格罗，这是非法的和不可想像的。我劝他多次，可是，却不能改变他的决定。所以，我只能来找你，只有你能让埃尔南多的犯罪行为停止下来。”
皮萨罗一怔，说，“不可能吧？埃尔南多为什么要处死阿尔马格罗？这太让人不可思议和不可理解了。”
巴尔维德主教摇了摇头，说，“埃尔南多要处死阿尔马格罗这样大的事，他不可能不先请求你吧？”
皮萨罗很认真地说，“我真地不知道。”
巴尔维德主教说，“既然这样，那你就该马上前往库斯科城，立即阻止这件事的发生，把阿尔马格罗放了，并恢复这位元帅的自由。”
皮萨罗想了想，说，“我是应该这么做。”
可是，皮萨罗只是这样说，并没有马上赶往库斯科，也没有阻止埃尔南多处死阿尔马格罗。在阿尔马格罗被处死的前三天，皮萨罗侯爵才带着100多人的骑兵小队从浩哈赶往库斯科城。可是，当他到达离库斯科只有50多公里阿班凯小镇时，有人过来向他报告说阿尔马格罗已被埃尔南多处死了。
当时，他正骑在马上走在高高的山岭上，听到这消息后周围所有的人都吃惊地怔住了，拿眼睛在看着他们的总督大人。皮萨罗侯爵先是一怔，然后显出极大的震动，以致全身颤抖。他用非常愤怒的口气对旁边的秘书皮卡多说，“埃尔南多太不理智了，我一再对他说不能用这种暴力的方式对待我的老朋友和合伙人，可是，他说阿尔马格罗犯的是叛国罪，必须要处以死刑。我让他等我到了库斯科再说，可是，他却在我到达库斯科之前就把阿尔马格罗给处死了。真是将在外不听帅啊。”
说完话，他沉默良久，眼睛注视着地面，心情显得非常地激动，而且久久无法平静。还是在皮卡多和大家的劝说下，他才长长地叹了口气，说，“我一定要对埃尔南多进行严肃的处分。”